Ο Όμιλος Φιλάθλων Νέας Ιωνίας, ιδρύθηκε στις 3 Δεκεμβρίου του 1926 και η καταστατική Συνέλευση των ιδρυτών του έγινε στις 6 Φεβρουαρίου του 1927, στον συνοικισμό Ποδαράδες από πρόσφυγες της Μικράς Ασίας. Πρώτος Πρόεδρος ήταν ο Γεώργιος Κασσάρ(ης). Έκτοτε λειτουργεί απρόσκοπτα εκτός από την τριετία 1940-1942, όπου ανέστειλε λόγω του 2ου Παγκοσμίου Πολέμου τις αθλητικές του δραστηριότητες. Ξεκίνησε έχοντας ποδοσφαιρική ομάδα και ομάδα στίβου ανδρών-γυναικών, ενώ αργότερα το 1930 ίδρυσε τμήματα χάντμπολ και βόλεϊ. Σαν χώρος άθλησης χρησιμοποιήθηκε η αλάνα που βρίσκεται σήμερα η Μητρόπολη της Νέας Ιωνίας.

Μετά τον 2ο Παγκόσμιο Πόλεμο και τον Εμφύλιο το τμήμα ποδοσφαίρου που εντωμεταξύ είχε ονομαστεί Αθλητική Ένωση Νέας Ιωνίας πρωταγωνιστεί από το 1947 – 1962 στα πρωταθλήματα της Ε.Π.Σ.Α., έχοντας στις τάξεις της σπουδαίους ποδοσφαιριστές, σημείωσε νέες επιτυχίες απέναντι σε ομάδες όπως η ΑΕΚ, ο Απόλλωνας και ο Παναθηναϊκός. Στο διάστημα αυτό, αγωνίζονται με την ΑΕ Νέας Ιωνίας ο Στέφανος Πετρίτσης (αργότερα Ομοσπονδιακός Προπονητής Εθνικών Ομάδων), ο Λέλος Βαμβακόπουλος (διεθνής διαιτητής FIFA), ο Ντίνος Παπαγεωργίου, ο Μίμης Αναστασιάδης (διεθνείς ποδοσφαιριστές), ο Γιώργος Φιλίππου (μετέπειτα πρόεδρος του συλλόγου), ο Μάκης Τσαούσης (Εθνική Ελπίδων), ο Θανάσης Εμβαλωμένος κ.α. 

Στη Διοίκηση του συλλόγου τότε ήταν οι Βασιλειάδης, Βαλάσης Γ., Τρανόπουλος (για πολλά έτη Πρόεδρος της ποδηλασίας), Β. Χαϊτογλου (αντιπρόεδρος της ΕΠΣΑ για πολλά έτη), Ραπτόπουλος, Κεσίσογλου, Δουβλίδης, Παρίσης, Τσαούσης, Ψούνης, Μοντσενίγκος, Μπανούσης, Εμβαλωμένος, Μάνεσης κ.α. 

Το 1952 ο σύλλογος ιδρύει τμήμα Επιτραπέζιας Αντισφαίρισης. Από το 1967- 1974 ο σύλλογος περιήλθε σε αναγκαστική συγχώνευση με την Ελευθερούπολη με το όνομα «Ελπίδα». Μετά την μεταπολίτευση ο σύλλογος έχει την ονομασία «Αθλητική Ένωση Ν. Ιωνίας» με Πρόεδρο τον Δημήτρη Μπανούση και στην συνέχεια τον Γιώργο Φιλίππου. Αυτό το διάστημα ιδρύονται τμήματα Μπάσκετ και Ποδηλασίας. Στα Διοικητικά της Συμβούλια μετείχαν οι Ρουμπείδης, Χαλαβατζής, Κουγιουμτζής, Ραπτόπουλος, Κιρκιμπές, Ματάνοβιτς κ.α. Την εποχή εκείνη αρθρογραφούσε επίμονα και ο σπουδαίος Ιωνιώτης Χάρης Σαπουντζάκης.

Από το 1979 αρχίζει η νέα περίοδος για τον σύλλογο, ο οποίος πλέον ονομάζεται «Όμιλος Φιλάθλων Νέας Ιωνίας» και την Διοίκηση του Γιώργου Φιλίππου διαδέχεται μια νέα διοίκηση με Πρόεδρο τον Παντελή Χατζηιωάννου και συνεργάτες τον Βασίλη Νιωτάκη, τον Κώστα Καραμπέτσο, τον Γιώργο Ανθρακίδη, τον Βασίλη Τσιράκογλου, τον Βασίλη Σαββόπουλο, τον Νίκο Μελαχροινό, τον Κυριάκο Παναγόπουλο, τον Θανάση Κονδύλη, τον Θανάση Κοντογεώργο, τον Κώστα Παπαδόπουλο, τον Τάκη Παντερλή, τον Σταύρο Ρασιδάκη, τον Γιάννη Καλογιάννη, τον Βασίλη Ροϊλό, τον Μανώλη Παπαδάκη,  τον Ντίνο Παπαγεωργίου κ.α. Ιδρύονται νέα τμήματα Βόλεϊ για άνδρες και γυναίκες, Μπάσκετ γυναικών, Σκάκι, Ενόργανη Γυμναστική και ο σύλλογος αυξάνει τους αθλητές του. 

Το 1985 ιδρύει Χάντμπολ Γυναικών, το οποίο έμελλε να είναι το τμήμα με την αλματώδη άνοδο και διακρίσεις σε πανελλήνιο επίπεδο. 

Από το 1995 έως και σήμερα Πρόεδρος του συλλόγου είναι ο Θανάσης Κοντογεώργος (Πρόεδρος της ΕΣΧΑ για πολλά έτη). 

Σήμερα ο ΟΦΝΙ  διατηρεί τα παρακάτω τμήματα: 1) Τμήμα Χειροσφαίρισης Γυναικών – Ανδρών – Ακαδημίες και Τμήμα Παράκτιας Χειροσφαίρισης 2) Τμήμα Κολύμβησης Αγωνιστικό – Ακαδημίες 3) Τμήμα Ενόργανης Γυμναστικής Αγόρια – Κορίτσια 4) Τμήμα Ποδηλασίας Ανδρών – Γυναικών – Ακαδημίες – Masters 5) Τμήμα Επιτραπέζιας Αντισφαίρισης 6) Τμήμα Τροχοσανίδας 7) Τμήμα Τριάθλου και Μοντέρνου Πεντάθλου